Indagine conoscitiva De Miccolis_CNR del 30/07/2025

• Analisi bioinformatica di output di sequenziamento NGS per lo studio di comunità microbiche con approccio metagenomico (whole-genome shotgun metagenomics) e analisi trascrittomiche su piante di olivo. Utilizzo di pipeline di ultima generazione (ad esempio, nf-core/mag e SqueezeMeta) per analisi di dati metagenomici per la caratterizzazione tassonomica e funzionale del microbioma endofitico e della rizosfera di varietà caratterizzate per la suscettibilità a patogeni, con particolare riguardo a Xylella fastidiosa. Definizione dei principali taxa microbici associati alla tolleranza ai patogeni, analisi funzionale del microbioma, per individuare pathway metabolici microbici e geni di interesse nella competizione con Xylella,